La Legio XIII Gemina fut créée par Jules César en 57 av. J.-C., en vue de la campagne contre la population belge, dans une de ses premières interventions dans les conflits internes aux populations gauloises.
Dès sa constitution, elle participa, durant les guerres galliques (de 58 à 51 av. J.-C.), à la bataille de la Sambre contre les Nerviens, au siège de Gergovie ; même si les sources ne la citent pas, il est probable qu'elle ait été présente au siège d'Alésia.
Après la campagne en Gaule, le Sénat romain refusa le second consulat à César, l’intimant d’abandonner le commandement des légions et de retourner à Rome pour affronter le jugement du Sénat. Contraint de décider s’il devait abandonner sa carrière politique ou provoquer une guerre civile, César avec sa Legio XIII franchit le Rubicon, marquant ainsi le début de la guerre civile qui l'opposa aux optimates.